Emiel Van Averbeke wordt opgeleid aan de Antwerpse academie tussen 1888 en 1894, maar voltooit die studie niet. Hij loopt stage bij architect Emile Thielens, samen met zijn academievriend Jan Van Asperen. Daarna voltooit Emiel zijn architectuurstudie niet, maar schrijft zich in als tekenaar in 1892. Dat is het jaar waarin hij op het bureau van Thielens gaat werken, waaraan hij tot 1899 verbonden blijft. In die tijd krijgt hij interesse voor de art nouveau-stromingen van Brussel en Glasgow, waar Charles Rennie Mackintosh de toonaangevende ontwerper is. Ook Van Averbeke zelf gaat meubels en juwelen ontwerpen en boekverluchtingen voor de Antwerpse progressieve kunstkring De Scalden. In 1899 start hij zijn eigen architectenpraktijk, aanvankelijk in samenwerking met zijn schoonbroer Willem Diehl, een Nederlandse architect. Vanaf 1905 ruilt Van Averbeke het onzekere architectenbestaan in voor de vaste betrekking van ambtenaar bij de Antwerpse Stedelijke Dienst voor Gebouwen, die door stadsarchitect Alexis Van Mechelen wordt geleid. Hij begint daar als tijdelijk controleur, doorloopt de hele hiërarchie en wordt in 1920 zelf benoemd tot stadshoofdbouwmeester van Antwerpen. Na aan de algemene herstellingswerkzaamheden na de Eerste Wereldoorlog te hebben meegewerkt, start in 1926 onder zijn leiding de restauratie van de grote toren van de Antwerpse Onze-Lieve- Vrouwekathedraal. In 1929 krijgt hij van het stadsbestuur een speciale vergunning om mee te werken aan het Torengebouw van de Algemeene Bankvereeniging en de vergroting van de Grand-Bazar met het art deco-gedeelte aan de Schoenmarkt. Voor wat betreft het Torengebouw lijkt hij vooral als een soort adviseur en waakhond van het stadsbestuur te fungeren naast Vanhoenacker. In 1930 ontwerpt Emiel Van Averbeke het stadspaviljoen voor de Wereldtentoonstelling in Antwerpen en verder heeft hij de ventilatiegebouwen van de Scheldetunnels (Waaslandtunnel voor auto's, Sint- Annatunnel voor voetgangers) in 1933 op zijn naam staan. Vooral die van de voetgangerstunnel zijn bekend, want daarin zijn ook de roltrappen en de liften die toegang geven tot de tunnel opgenomen. Vlak voor de Tweede Wereldoorlog maakt Van Averbeke plannen voor de restauratie van het Rubenshuis, die tijdens de oorlog onder zijn leiding wordt uitgevoerd. In 1945 wordt hij dan ook benoemd tot conservator van het daarin geopende museum. Na zijn dood op 1 februari 1946 krijgt hij een officiële stadsbegrafenis op het Schoonselhof.

OEUVRE (onvolledig) 1898 Woonhuis, art nouveaustijl. Peter Benoîtstraat 34, Antwerpen. Naar ontwerp van Emile Thielens m.m.v. Emiel Van Averbeke. 1898-1901 Liberaal Volkshuis ‘Helpt U Zelve’ i.s.m. Jan Van Asperen en Henri Verbuecken. Volkstraat 40, 2000 Antwerpen-Zuid. Van Averbeke neemt het ontwerp van de binneninrichting voor zijn rekening, samen met Verbuecken. 1899 Ingangsgebouw Zoo, Directeurswoning, restaurant Paon Royal, Secretariaat Zoo, Inkompartij, Melkerijgebouw Koningin Astridplein 18-26, Antwerpen. In opdracht van Emile Thielens. 1899-1900 Winkelhuis i.s.m. Willem Diehl, art-nouveaustijl. Kasteelstraat 67, Antwerpen (afgebroken). In opdracht van J. van Duin. 1899 Landhuis. Brasschaat. 1900-1901 Ensemble van drie woningen i.s.m. Willem Diehl, art nouveaustijl. Mercatorstraat 102-104-106, Antwerpen. 1903 Villa Lurmann, art nouveaustijl. Leuvensesteenweg 330, Kortenberg. In opdracht van Hendrik-Emiel Lurmann. 1906 Notariaat de Creeft, cottagestijl. Leuvensesteenweg 332, Kortenberg. In opdracht van Hendrik-Emiel Lurmann, later in bezit van notarisfamilie de Creeft, voorgevel sterk verbouwd in 1974-’75. 1907 Eigen woning, art nouveaustijl. Cobdenstraat 24, Antwerpen. 1907-1909 Vlaamse Opera – Gelagzaal en decormagazijn. Frankrijklei 3, Antwerpen. Een bouwproject van Alexis Van Mechelen. 1908-1911 Brandweerkazerne i.s.m. stadsarchitect Jan Van Asperen. Paleisstraat 122-126 / Bestormingstraat 9-11, Antwerpen. Decoratie van de gevel. 1908 Rijhuis, art nouveaustijl. Sanderusstraat 52, Antwerpen. 1910-1911 Hof van Nauwelaerts, neo-traditionele hoevestijl. Lodewijk van Berckenlaan 146, Antwerpen-Berchem. Woning-atelier kunstschilder Joris Nauwelaerts. 1912 Kindertuin. Violetstraat 18, Antwerpen. 1912 Orangerie Stadskwekerij Kiel. Sint-Bernardsesteenweg 111, Antwerpen-Kiel. In 1951-’52 verbouwd tot Feestzaal Kielpark. 1912-1913 Brandweerkazerne. Halenstraat 81 / Viséstraat, Antwerpen-Seefhoek. Sinds 1947 buiten gebruik, thans appartementen en seniorenlokaal. 1914-1922 Brandweerkazerne in opvolging van Alexis Van Mechelen. Siberiastraat z/n, Kaai 63, Antwerpen-Eilandje. Geïnspireerd op voormalige Hansahuis, sinds 1959 deels Technische Dienst Havenbedrijf en onderdeel van nieuw project Havenhuis. 1919-1925 Stedelijk Instituut voor Sierkunsten en Ambachten (SISA). Napelsstraat 37, Antwerpen-Eilandje. 1920 Appartementen, art decostijl. Sint-Michielskaai 15-16 en 19-20, Antwerpen. 1920 Interbellum woonblok. Cockerillkaai 32-34 / Luikstraat 2, Antwerpen. 1921 Appartementen. De Gerlachekaai 3-8, Antwerpen. In nr.8 woning kunstschilder Jozef Peeters. 1921 Eigen woning. Karel De Preterlei 188, Antwerpen-Borgerhout. 1921 Sociale appartementen. Hopland 31-35-37, Antwerpen. Appartementsgebouw met drie winkels. 1922 Monument voor de gesneuvelden. Zegeplein, Turnhout. Voetstuk. 1923-1924 Appartementen. Stanleystraat 39-41, Antwerpen. 1924 Stedelijk Instituut voor Technisch Onderwijs nr.7, neo-Lodewijk XVI-stijl. Lamorinièrestraat 244-246, Antwerpen. Naar ontwerp van Alexis Van Mechelen. 1924-1925 Kleuterschool 21 Grétrystraat 46, Antwerpen. Naar ontwerp van Alexis Van Mechelen uit 1914. 1926 Privéwoning, nieuwe zakelijkheidstijl. Ruytenburgstraat 44/Strijdhoflaan, Antwerpen-Berchem. 1927-1932 Torengebouw (Boerentoren) i.s.m. Jan Vanhoenacker en Jozef Smolderen. Eiermarkt 20-Meirbrug-Schoenmarkt, Antwerpen. Art decostijl met stalen skelet. 1928-1932 Stedelijke Normaal- en Oefenschool i.s.m. André Fivez en Antoon De Mol. Pestalozzistraat 5-7, Antwerpen. Gebouwd voor dubbelgebruik: voor Wereldtentoonstelling 1930 als expositiepaviljoen Vlaamse kunst en daarna als school. Nieuwe Zakelijkheidstijl. 1930 Twee bruggen over ravelijngracht, art decostijl. Eric Sasselaan, Antwerpen-Tentoonstellingswijk. Toegangsbruggen voor Wereldtentoonstelling 1930. 1931 Woning, nieuwe zakelijkheidstijl. Hof ter Schrieklaan 39, Antwerpen-Berchem. 1931-1933 Sint-Anna- of Voetgangerstunnel, toegangs- en verluchtingsgebouwen. Beatrijslaan z/n, Antwerpen-Linkeroever / Sint-Jansvliet z/n, Antwerpen. Gedeelte op Linkeroever tijdens WO II vernield en daarna herbouwd. Waaslandtunnel (autotunnel), verluchtingsgebouwen. Brouwersvliet, Antwerpen / Charles de Costerlaan z/n, Antwerpen-Linkeroever. 1932 Villa, eigen woning.